法人税は「会計の利益にそのまま税率を掛ける」わけではありません。会計の利益を税法のルールで調整した「課税所得」に税率を掛け、そこから税額控除と中間納付を差し引いて、実際に納める税額が決まります。
この記事では、①会計の利益 → ②申告調整して課税所得 → ③税率を掛けて法人税額 → ④税額控除などを引いて納税額、という4ステップで全体像を整理します。流れをつかむと、決算や節税の話も理解しやすくなります。
免責： 本記事は記載時点の法令にもとづく一般的な解説です。税率・特例は改正で変わります。具体的な申告は税理士にご相談ください。
全体像：法人税が決まるまでの4ステップ
会計の帳簿でわかるのは「会計上の利益」までで、そこから先は税法のルールに置き換える作業が入ります。この置き換えを申告書で行うのが、別表四（所得の計算）と別表一（税額の計算）です。順に見ていきます。
ステップ1：会計上の利益を出す
出発点は、決算で計算する会計上の利益です。収益から費用を差し引いた「税引前当期純利益」がこれにあたります。ただしこの利益は会計のルールで計算したものなので、そのまま法人税の対象になるわけではありません。
ステップ2：申告調整で課税所得を出す（別表四）
会計の利益に、税法上のルールで「加算」「減算」の調整を加えて、法人税の対象となる課税所得（所得金額）を計算します。これを申告調整といい、申告書では別表四で行います。
- 加算：会計では費用でも税務では損金にならないもの（交際費の損金不算入額、役員給与の損金不算入額など＝損金不算入）に加え、会計では収益に計上していないが税務では益金になるもの（益金算入）も利益に足し戻す。
- 減算：会計では収益でも税務では益金にしないもの（受取配当等の益金不算入など）に加え、会計では費用に計上していないが税務では損金になるもの（損金算入）も差し引く。
なお、こうして求めた課税所得は、税率を掛ける前に1,000円未満を切り捨てます（課税標準の端数計算＝国税通則法118条1項）。
会計利益と課税所得がずれるのは、このステップがあるためです。加算・減算の4分類は「法人税の加算・減算とは」、益金・損金の考え方は「益金と損金とは」、申告書全体の流れは「法人税申告書の全体像」で詳しく整理しています。
ステップ3：税率を掛けて法人税額を出す（別表一）
課税所得に法人税率を掛けて、法人税額を計算します（別表一）。普通法人の基本税率は原則23.2%です。資本金（出資金）の額が1億円以下などの要件を満たす中小法人は、年800万円以下の所得に軽減税率15%が使えます（令和9年3月31日までに開始する事業年度が対象。所得が年10億円を超える事業年度は17%、適用除外事業者は19%）。税率の詳細は「法人税の税率」で解説しています。
なお、実際の負担は法人税のほかに地方法人税・法人住民税・法人事業税も加わるため、法人税単独の税率とは別に「法人の実効税率」で見ることも大切です。
ステップ4：税額控除・中間納付を引いて納税額を確定
最後に、法人税額から税額控除を差し引き、さらに事業年度の途中で納めた中間納付額を控除して、実際に納める「差引確定法人税額」を確定します。
- 税額控除：賃上げ促進税制による控除、中小企業向けの設備投資の税額控除、所得税額控除（利子・配当から源泉された所得税）など。要件を満たせば税額を直接減らせるため効果が大きい項目です。
- 中間納付額：前期の実績等にもとづき期の途中で先払いした分。ここで精算します。
これらを引いた残りが、その事業年度に納付する法人税額です。
百円未満の切り捨てはこの段階です。法人税額から税額控除を引いた「差引所得に対する法人税額」（別表一）で100円未満を切り捨て、そこから中間納付額を差し引いて差引確定法人税額とします（確定金額の端数計算＝国税通則法119条1項）。
数値例で見る（すべて「例」）
たとえば、資本金1億円以下の中小法人で次のようなケースを考えます（金額はすべて例です）。
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 税引前当期純利益 | 1,000万円 |
| ＋ 加算（交際費の損金不算入 等） | ＋150万円 |
| − 減算（受取配当の益金不算入 等） | −50万円 |
| ＝ 課税所得（1,000円未満切捨て） | 1,100万円 |
| 法人税額（800万×15%＋300万×23.2%） | 189万6,000円 |
| − 税額控除（賃上げ促進税制 等） | −30万円 |
| ＝ 差引所得に対する法人税額（100円未満切捨て） | 159万6,000円 |
| − 中間納付額 | −60万円 |
| ＝ 差引確定法人税額 | 99万6,000円 |
このように、会計利益（1,000万円）と課税所得（1,100万円）は一致せず、その橋渡しをするのが申告調整です。なお令和8年4月1日以後に開始する事業年度からは、これとは別に防衛特別法人税の判定も加わります。税額は （基準法人税額 − 年500万円）× 4% で、基準法人税額から年500万円の基礎控除額を引いたあとに4%を掛ける、という順序です。
まとめ
- 法人税は、①会計の利益 → ②申告調整（別表四）で課税所得 → ③税率（別表一）で法人税額 → ④税額控除・中間納付を引いて納税額、の順で決まる。
- ポイントは、会計の利益と税務の課税所得は別物で、その橋渡しが申告調整だという点。
- 端数処理は2か所。課税所得は1,000円未満切捨て（通則法118①）、税額控除を引いたあとの税額は100円未満切捨て（通則法119①）。
- 税額控除は税額を直接減らすので効果が大きい。
- 具体的な調整や控除は専門的なため、実際の申告は税理士と進めるのが安心。
監修：税夢（税理士・税理士法人勤務）／ 運営者・監修者情報
本記事は、国税庁タックスアンサー・e-Gov法令検索等の一次情報と照合したうえで、税理士の監修のもとに公開しています。
最終更新日：2026.07.28 対象読者：中小企業の経営者・経理担当者
本記事は一般的な解説で、記載時点の制度・税率に基づきます。監修者個人の見解であり、所属する税理士法人の公式見解ではありません。個別の判断は税理士にご相談ください。
