電子帳簿保存法とは？3つの制度と電子取引データ保存の義務化を解説

電子帳簿保存法とは｜「3つの制度」に分けて考える

電子帳簿保存法は、税務に関係する帳簿・書類をデータで保存することを認める（一部は義務づける）法律です。中身は大きく次の3つの制度に分かれます。まず、この3つを区別することが理解の出発点です。

制度	対象	位置づけ
①電子帳簿等保存	会計ソフト等で自分が一貫して電子的に作成した帳簿・書類（仕訳帳・総勘定元帳、決算関係書類、自社が作成した請求書等の控えなど）	任意
②スキャナ保存	紙で受け取った・作成した書類をスキャンした画像データ	任意
③電子取引データ保存	メール・EDI・Web等でやりとりした取引データ	義務（2024年1月〜）

ポイントは、「やらなければいけない（義務）」のは③だけという点です。①電子帳簿等保存と②スキャナ保存は、紙のまま保存し続けても構いません。「電帳法対応」と聞いて構える前に、まず自社にとって必須なのは③だけだと押さえておくと、対応の見通しが立てやすくなります。

図1：電子帳簿保存法の3つの制度（①電子帳簿等保存・②スキャナ保存は任意／③電子取引データ保存は2024年1月から義務）

①電子帳簿等保存（任意）｜会計ソフトのデータをそのまま残す

電子帳簿等保存は、会計ソフトなどで最初から一貫して電子的に作成した帳簿（仕訳帳・総勘定元帳など）や書類（決算関係書類のほか、自社が作成した請求書・見積書などの控え）を、紙に印刷せずデータのまま保存できる制度です。

これは義務ではなく、あくまで「紙の代わりにデータで残してよい」という選択肢です。一定の要件（システムの操作説明書等の備付け、税務職員のダウンロードの求めに応じられることなど）を満たして保存すれば、印刷・製本の手間を省けます。

さらに、訂正・削除の履歴が残るなどの厳しい要件を満たした「優良な電子帳簿」として届け出て保存すると、過少申告加算税の軽減（一定の場合に5%軽減）などの特典を受けられる仕組みもあります。ただしこれらは希望する会社が使う制度で、対応しなくても罰則はありません。

②スキャナ保存（任意）｜紙の領収書・請求書を画像で残す

スキャナ保存は、紙で受け取った（または紙で作成した）請求書・領収書・契約書などを、スキャナやスマホで読み取った画像データとして保存し、原本の紙を廃棄できる制度です。

こちらも任意で、対応しなくても紙のまま保存すれば問題ありません。導入すれば紙の保管スペースを削減できますが、解像度や検索機能などのほか、改ざんされていないことを担保する仕組みが求められます。原則は読み取り時のタイムスタンプの付与ですが、訂正・削除の履歴が残る（または訂正・削除ができない）システムのうち、客観的な時刻証明機能を備えたもの（他社が提供するクラウドサービス等）に保存し、かつ入力期間内に入力したことを確認できる場合は、タイムスタンプに代えることができます。両方を必ず備えなければならない、というわけではありません。制度改正で要件は徐々に緩和されてきましたが、運用ルールの整備は必要です。

「まず紙は紙で残しつつ、余裕が出てきたら電子化を検討する」という進め方でも差し支えありません。

③電子取引データ保存（2024年1月〜義務）｜ここだけは全社対応が必要

3つのうち、所得税・法人税の帳簿書類を保存する義務がある事業者（ほぼすべての法人・個人事業者）が対応しなければならないのが、この電子取引データ保存です。

電子取引とは、注文書・契約書・請求書・領収書などの取引情報を、電子データで授受する取引をいいます（メール、EDI、Webサイトからのダウンロードなど、授受の方法は問いません）。取引先から受け取ったデータだけでなく、自社が取引先へ電子的に送った請求書・領収書などの控えも保存の対象です。具体的には次のようなものが該当します。

取引先からメールに添付されたPDFの請求書・領収書
自社が取引先へメール等で送った請求書・領収書のデータ（控え）
Web上でダウンロードする請求書・利用明細・ネット通販の購入履歴
EDIシステムや電子契約サービスでやりとりする取引データ
クレジットカードの利用明細データ、交通系ICの利用データなど

こうした電子取引でやりとりしたデータは、2024年（令和6年）1月1日以後、原則としてデータのまま保存しなければなりません。それまで認められていた「印刷して紙で保存すればよい」という猶予（宥恕措置）は、2023年12月末で終了しました。

注意したいのは、「紙でも受け取った」場合との切り分けです。同じ請求書でも、郵送された紙を受け取ったなら紙の書類として保存すればよく、メールのPDFで受け取ったならデータ保存が必要になります。受け取った形（データか紙か）で扱いが決まると考えるとわかりやすいでしょう。なお、同じ内容を紙とデータの両方で受け取ったときは、社内で紙を正本とすると決めていれば紙の保存だけで足りますが、データにしか載っていない情報があるなど内容が同一でない場合は、紙とデータの両方を保存する必要があります。

保存する期間は、電子取引データでも紙の書類と変わりません。各税法で定められた期間保存します（法人は原則7年。ただし、青色申告書を提出した事業年度に青色繰越欠損金が生じた場合や、青色申告書を提出しなかった事業年度に災害損失金額が生じた場合などは10年。個人事業者は書類の区分等により5年または7年）。データだから短くてよい、ということはありません。

電子取引データの保存要件｜「真実性」と「可視性」の2本柱

では、電子取引データはどう保存すればよいのでしょうか。要件は大きく「真実性の確保」と「可視性の確保」の2つに分かれます。

（1）真実性の確保｜あとから改ざんできないようにする

データが改ざんされていないことを担保するため、次のいずれか1つを満たす必要があります（タイムスタンプには「付与済みのデータを受け取る」「受領後に付す」の2つのパターンがあります）。

方法	内容
タイムスタンプ	タイムスタンプが付されたデータを受け取る、または受領後に速やかにタイムスタンプを付す
訂正・削除の記録	訂正・削除の履歴が残る、または訂正・削除ができないシステムで授受・保存する
事務処理規程	訂正・削除の防止に関する事務処理規程を定め、それに沿って運用する

多くの中小企業にとって現実的なのは、いちばん下の事務処理規程を定める方法です。国税庁のサイトでは規程のサンプル（ひな形）も公開されており、これを自社に合わせて整えて運用すれば、システムを新たに導入しなくても真実性の要件を満たせます。

（2）可視性の確保｜すぐ見られる・探せるようにする

保存場所にパソコン・ディスプレイ・プリンタと操作説明書を備え付け、画面や書面に整然・明瞭な状態ですぐ出力できるようにしておくこと
検索機能を確保すること（取引年月日・取引金額・取引先の3項目で検索できること）

検索機能は、原則として日付・金額の範囲指定や、2つ以上の項目を組み合わせた検索にも対応する必要があります。ただし、税務職員からのデータのダウンロードの求めに応じられるようにしていれば、範囲指定・組み合わせ検索までは不要とされています。この検索要件は、次章のとおり小規模な事業者ではさらに緩和されます。

図2：電子取引データ保存の要件（真実性の確保＝タイムスタンプ・訂正削除履歴・事務処理規程のいずれか／可視性の確保＝すぐ出力・取引年月日/金額/取引先で検索）と、売上高5,000万円以下の検索要件免除・猶予措置

中小企業の負担軽減｜検索要件の免除と「猶予措置」

「システムを入れないと対応できないのでは」と不安に感じるかもしれませんが、中小企業向けの負担軽減策が用意されています。

（1）売上高5,000万円以下なら検索要件が不要

基準期間（個人事業者はその年の前々年、法人は原則としてその事業年度の前々事業年度。前々事業年度が1年に満たない法人などには、集計する期間の取り方に特則があります）の売上高が5,000万円以下の事業者は、税務職員のダウンロードの求めに応じられるようにしていれば、検索機能の確保そのものが不要になります。この基準は、令和5年度の税制改正で「1,000万円以下」から5,000万円以下に引き上げられ、対象が大きく広がりました。

また、電子取引データを日頃から書面に出力し、取引年月日その他の日付・取引先ごとに整理しておき、税務調査の際に遅滞なく提示・提出できるようにしている場合も、検索要件は不要とされています（求められてからまとめて印刷して並べる、という運用は想定されていません）。どちらのルートでも、保存している電子データについて税務職員のダウンロードの求めに応じられることが共通の前提である点には注意してください（データ自体は要件どおり残す必要があります）。

（2）「相当の理由」があれば猶予措置

要件どおりの対応が間に合わない場合でも、次の2つをどちらも満たせば、猶予措置が受けられます（令和5年度改正で新たに設けられた猶予措置）。

所轄の税務署長が、要件に従って保存できなかったことに「相当の理由」があると認めること
税務調査等の際に、データのダウンロードの求めと、そのデータを印刷した書面の提示・提出の求めの、どちらにも応じられるようにしていること

なお、この猶予措置を使うにあたって、税務署への事前申請等の手続は必要ありません（事前に許可を得てから使う仕組みではありません）。この猶予措置に当たる場合は、改ざん防止や検索機能などの要件を満たさなくても、電子取引データを単に保存しておくだけで認められます。ただし、あくまで「相当の理由」があるかは税務署の判断であり、恒久的に何もしなくてよいという趣旨ではない点に注意が必要です。データを削除してしまう（そもそも残していない）ことは、猶予措置でも認められません。

中小企業がまず整えておきたい実務対応： ①電子取引のデータ（メールのPDF等）は捨てずに残す、②取引先・日付・金額であとから探せるようにフォルダ名やファイル名を整える、③改ざん防止の事務処理規程を用意しておく。この3点から始めるのが現実的です。

保存要件を満たせなかったらどうなる？｜青色申告の取消しと重加算税

「対応が間に合わなかったら、青色申告が取り消されるのでは」と不安に感じる方は少なくありません。この点について国税庁は、電子取引データを要件どおりに保存できず書面に出力して保存していた場合について、そのような事実のみをもって、直ちに青色申告の承認が取り消されたり、金銭の支出がなかったものと判断されたりするものではないとしています（国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」）。要件を満たせないこと自体が、ただちに重い処分に直結する制度ではありません。

ただし、これは「保存しなくてよい」という意味ではありません。次の2点は押さえておく必要があります。

場面	取扱い
要件どおりに保存できなかった	保存義務そのものは残ります。事情があるなら、まず前章の猶予措置に当たるかを確認します。データを削除してしまえば猶予措置でも認められません
隠蔽・仮装があった	電子取引データに記録された事項について隠蔽・仮装があったときは、その事実に係る部分の税額をもとに計算した金額が、通常の重加算税に10%上乗せされます（電子帳簿保存法8条5項。スキャナ保存のデータも同様）

つまり、対応の遅れと意図的な不正とは切り分けて扱われ、後者には重い扱いがされるという構造です。要件を満たせない事情があるなら、猶予措置の適用を前提に「まずデータを確実に残す」ことが最優先になります。

2027年1月からの新制度（参考）： 令和7年度税制改正で、デジタル庁が管理する仕様に従って送受信されたデジタルインボイスや預貯金口座の決済データを、訂正・削除の履歴が残るシステムで自動保存し、帳簿へ自動連携する仕組みが新設されました。あらかじめ届出書を提出してこの仕組みを使う場合、令和9年（2027年）1月1日以後に法定申告期限が到来する国税について、上記の重加算税10%加重の対象から除外されます。任意の制度であり、本記事で解説した一般的な電子取引データの保存義務とは別のものです。

まとめ

電子帳簿保存法には3つの制度があり、義務なのは「電子取引データ保存」だけ。電子帳簿等保存・スキャナ保存は任意です。
電子取引（メールのPDF、Webダウンロードの請求書など）でやりとりしたデータは、2024年1月以降、原則データのまま保存が必要です。
保存要件は真実性の確保（タイムスタンプ・訂正削除履歴・事務処理規程のいずれか）と可視性の確保（すぐ出力・取引年月日/金額/取引先で検索）の2本柱。
売上高5,000万円以下で、税務職員のデータのダウンロードの求めに応じられるようにしていれば検索要件は不要、要件対応が間に合わない場合も「相当の理由」があれば猶予措置が使えます。まずは「データを捨てない・探せるようにする・規程を用意する」から始めましょう。
要件どおりに保存できなかったという事実だけで直ちに青色申告の承認が取り消されるわけではありませんが、隠蔽・仮装があれば重加算税が10%加重されます。保存義務そのものは残る点に注意してください。