赤字決算でも払う税金はある？法人住民税の均等割・消費税など5つを解説

欠損金・赤字対策
2026.07.05
欠損金・赤字対策
税
税理士が執筆・監修
条文と実務経験にもとづき、最新の税制改正を反映して解説しています
最終更新日：2026.07.05 ／ 記載時点の法令等に基づく（国税庁・総務省の公開情報・参照 2026.07）

「今期は赤字だから、税金は払わなくていい」――そう思っていたのに納付書が届いて驚いた、という経営者は少なくありません。

たしかに、利益（所得）に対してかかる法人税は、赤字であれば原則として発生しません。しかし、会社が払う税金は法人税だけではありません。利益と関係なくかかる税金がいくつかあり、赤字でも納付が必要です。

また、赤字決算でも、会社は申告自体が不要になるわけではありません。法人税額がゼロでも、法人税・地方税の確定申告は通常どおり必要です。

この記事では、赤字決算でも払う代表的な税金を整理し、あわせて「赤字だからこそ使える制度」も紹介します。資金繰りの見通しを立てる参考にしてください。

免責： 本記事は記載時点の法令・税率に基づく一般的な解説です。地方税は自治体により税率が異なる場合があります。個別の判断は税理士にご相談ください。

「赤字なら税金ゼロ」ではない理由

会社にかかる税金は、大きく2種類に分けられます。

種類 代表例 赤字のとき
利益（所得）にかかる税金 法人税、地方法人税、法人住民税の法人税割、法人事業税の所得割 原則かからない
利益と関係なくかかる税金 法人住民税の均等割、消費税、源泉所得税（預り金）、固定資産税・償却資産、印紙税 など 赤字でもかかる

赤字決算の場合、法人税やそれに連動する税金はゼロになりますが、下段の「利益と関係なくかかる税金」は納付が必要です。以下、順に見ていきます。

赤字でも払う税金①：法人住民税の均等割

もっとも代表的なのが、法人住民税の均等割です。均等割は「その地域に会社が存在すること」自体にかかる会費のような税金で、黒字か赤字かに関係なく、資本金等の額と従業者数に応じた定額を毎年納めます（総務省「法人住民税」）。

標準税率での金額は次のとおりです（都道府県民税＋市町村民税）。

資本金等の額 都道府県民税 市町村民税（従業者50人以下） 合計の目安
1,000万円以下 2万円 5万円 7万円
1,000万円超〜1億円以下 5万円 13万円 18万円
1億円超〜10億円以下 13万円 16万円 29万円

※従業者数が50人を超える場合、市町村民税は高くなります（資本金等1,000万円以下で12万円など）。
※上記は標準税率です。自治体によっては超過課税により金額が異なります。東京都23区内のみに事務所がある場合は、市町村民税相当分も都民税として一括で課され、資本金等1,000万円以下・従業者50人以下なら最低7万円（標準税率）です。

つまり、資本金1,000万円以下の小規模な会社でも、赤字であっても年間おおむね7万円（標準税率の場合）の均等割がかかります。

赤字でも払う税金②：消費税

消費税は、会社の利益ではなく「取引」にかかる税金です。売上時に預かった消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引いた残りを納めるしくみのため、会社が赤字かどうかとは関係なく納税額が生じます。

たとえば、人件費（消費税がかからない経費）の割合が大きい会社では、決算が赤字でも消費税の納税額が大きくなることがあります。

なお、基準期間（原則として前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下の法人は、原則として納税義務が免除されます（国税庁タックスアンサー No.6501）。ただし、適格請求書発行事業者（インボイス）の登録を受けている場合は、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも課税事業者として申告・納税が必要です。このほか、特定期間（原則として前事業年度開始後6か月）の課税売上高（または給与等支払額）が1,000万円を超える場合なども、免除されない点に注意してください。

赤字でも払う税金③：源泉所得税・住民税の特別徴収（預り金）

従業員や役員に給与を払うとき、会社は所得税を源泉徴収し、住民税を特別徴収して、本人に代わって国や自治体に納めます。

これらは会社の税金ではなく、従業員から預かったお金です。会社が赤字かどうかとはまったく関係なく、納付義務があります。資金繰りが苦しいときでも、預り金の納付を後回しにすると不納付加算税や延滞税（住民税の特別徴収では延滞金）の対象になるため注意が必要です。

赤字でも払う税金④：固定資産税・償却資産

  • 固定資産税（土地・建物）：所有しているだけで毎年かかる市町村税です。
  • 償却資産（固定資産税）：機械や器具備品など事業用の償却資産にかかります。同一市町村内の課税標準額の合計が免税点未満なら課税されません（地方税法351条）。免税点は令和8年度分までは150万円ですが、令和9年度分以後は180万円に引き上げられます（令和8年度税制改正。令和9年1月1日を基準日とする分から適用）。なお、免税点未満で税額が生じない場合でも、償却資産の申告が必要となることがあります。

赤字でも払う税金⑤：印紙税・自動車税など

  • 印紙税：契約書や領収書など、課税文書を作成したときにかかります。
  • 自動車関係の税金：社用車があれば自動車税（種別割）等がかかります。

また、資本金1億円超の法人には法人事業税の外形標準課税（付加価値割・資本割）があり、赤字でも事業税の一部が生じますが、中小企業の多くは対象外です。

逆に、赤字の年だからこそ使える制度

赤字は納税の面では負担が残りますが、法人税には赤字を将来や過去の黒字と相殺するしくみがあります。

欠損金の繰越控除

青色申告をしていれば、その事業年度の赤字（欠損金）を翌期以降10年間繰り越し、将来の黒字（所得）から控除できます（国税庁タックスアンサー No.5762）。

欠損金の繰戻し還付

青色申告書を提出する中小企業者等が、期限内申告など一定の要件を満たす場合、赤字を前期の黒字にぶつけて、前期に納めた法人税の還付を受けられます（No.5763）。

中間納付した法人税の還付

期の途中で中間納付（予定納税）をしていた場合、確定申告で税額がそれを下回れば（赤字ならゼロ）、中間納付額は還付されます。詳しくは関連記事「法人税の中間申告と予定納税」で解説しています。

まとめ

  • 赤字でゼロになるのは法人税など「利益にかかる税金」。均等割・消費税・源泉所得税・固定資産税・印紙税などは赤字でも納付が必要。
  • 法人住民税の均等割は、資本金等1,000万円以下・従業者50人以下なら標準税率で年7万円が目安（超過課税など自治体により異なる）。
  • 消費税は取引にかかる税金で、赤字でも納税額が生じうる。人件費比率が高い会社は特に注意。
  • 赤字の年は、欠損金の繰越控除・繰戻し還付・中間納付額の還付といった制度で税負担を取り戻せる可能性がある。

よくある質問（FAQ）

Q. 赤字なら法人税の申告は不要ですか？

A. いいえ。税額が出なくても、通常は法人税・地方税の確定申告が必要です。

Q. 赤字でも法人住民税の均等割はかかりますか？

A. 原則としてかかります。金額は資本金等の額や従業者数、自治体の税率によって変わります。

Q. 赤字でも消費税を払うことはありますか？

A. あります。消費税は利益ではなく取引にかかる税金のため、赤字でも納税額が生じることがあります。

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根拠・参考（一次情報）

監修：税夢（税理士・税理士法人勤務）／ 運営者・監修者情報
本記事は、国税庁タックスアンサー・e-Gov法令検索等の一次情報と照合したうえで、税理士の監修のもとに公開しています。
最終更新日：2026.07.05　対象読者：中小企業の経営者・経理担当者

本記事は一般的な解説で、記載時点の制度・税率に基づきます。監修者個人の見解であり、所属する税理士法人の公式見解ではありません。個別の判断は税理士にご相談ください。
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